忍者神龟们发现了变种物质的泄漏之处,但史莱德同时也发现这一秘密,于是他们之间又展开了新一轮的战斗,而忍者神龟们也在战斗中得到了提高人生就像一本书，愚者匆匆翻过，智者细细品读。...

四个情同手足的乌龟少年一直生活在隐秘的下水道中，在师父（成龙 配音）的训练下，他们成为了功夫高超的“忍者神龟”，渴望被人类接纳的四小只，在人类朋友艾普的帮助下，起始追踪一个神秘的犯罪集团，但随着一支强大变种生物军队的降临，同样属于变种生物的忍者神龟们知道，这下大麻烦来了…人生就像一场马拉松，不在乎起点，只在乎过程和终点。...

　　将施奈德回老家之后，四只原本亲如兄弟的神龟由于没有了敌人，于是不再想以往一样一起战斗，而是各自在喜爱的领域内钻研，以往一起行动的忍者神龟们变成了四个独来独往的“独行侠”人生就像一本书，愚者匆匆翻过，智者细细品读。　　这时，纽约市中发生一连窜的怪事。原来实业家马克西米林安•J•威特斯意图征服纽约市，秘密培养了一支远古怪兽组成的军队，加上恶名昭彰的忍者组织Foot Clan，各种昏暗势力又在城市的...

有些人注定只是过客，而有些过客，却会在心中留下永恒的印记。...

2044年的纽约，大反派朗格勾结外星恶势力试图毁灭地球，大量外星人通过神秘传送门入侵，将城市化为灰烬。忍者神龟们虽负隅顽抗仍不敌敌人攻势，死伤惨重。怀抱着忍者最强武器——希望，忍者神龟们决定回到过去时空，找到开启传送门的钥匙，阻止朗格，恢复世界和平。莱昂纳多的弟子凯西肩负起这一使命，他在过去时空与女记者艾普奥尼尔成功接头，并和忍者神龟莱昂纳多、米明快基罗、拉斐尔、多纳泰罗汇合，开启了拯救世界的行动...